잎은 2차 3갈래로 갈라지는 복엽이다. 잎은 짧은 잎자루와 긴 엽축을 가지며, 잎자루는 길이 1㎝, 긴 엽축은 길이 2-3㎝이다. 잎은 엷은 청록색, 2회 2-3열로 갈라진다. 작은잎의 열편은 선상 피침형, 길이 2-2.5㎝, 폭 3-4㎜이다.
꽃은 자주색 또는 보라색이고 양순형, 총상꽃차례는 길이 2㎝이다. 포는 치아상으로 갈라지고 거는 길이 7㎜, 꽃대는 길이 1.5-1.7㎝, 아래쪽 꽃잎은 길이 1.1㎝, 폭 0.5㎝이다. 수술은 2개로 길이 8.5㎜, 암술은 1개이고 암술머리는 불규칙적인 두상체, 폭 1㎜이다.
열매는 선형, 잘록잘록하고 길이 1.9㎝, 폭 2㎜이다.
줄기는 길이 7-18㎝의 땅속줄기에서 다수가 옆으로 향해 나와 위로 향한다. 땅속줄기 위에 다수의 꽃대축이 달리고, 땅속줄기와 줄기의 결합 부분에 흰색을 띤 비늘조각이 있다.
땅속줄기 끝에 달린 공 모양의 덩이줄기는 흰색이다.
근연종*
▶갈퀴현호색(C. grandicalyx B.Oh et Y.Kim): 잎은 어긋나기하고 2회 3출 겹잎이며, 작은잎은 원형 또는 알 모양이고, 잎가는 밋밋하다.