일년생 초본이며, 식물 전체에 털과 선모가 있다. 줄기 직립 또는 복와상이며, 기부에서 분지한다. 잎 대생하며, 엽병과 탁엽이 없고, 아래쪽 잎은 길이 5.2–6.5 ㎜, 너비 2.0–3.0 ㎜로 엽신이 타원형이고, 정단부는 둔두 혹은 예두, 기부는 원저 혹은 둔저, 엽연은 전연이며, 위쪽 잎은 길이 4.2–5.5 ㎜, 너비 2.3–3.0 ㎜이고, 난형, 타원형 혹은 피침형이며, 정단부는 예두, 기부는 둔저, 엽연은 전연이다. 화서 꽃이 3–15개 정도 달리는 취산화서이다. 포엽은 엽병이 없으며, 길이 6.5–7.5 ㎜, 너비 2.3–3.0 ㎜의 좁은 피침형으로 정단부는 예두, 기부는 둔저이고, 가장자리는 막질로 이루어져 있으나 가장 아래에 있는 포엽의 가장자리에는 막질이 없다. 소화경은 길이 2.6–5.5 ㎜로 짧은 편이다. 꽃 악편은 5개이며, 길이 2.6–3.2 ㎜, 너비 1.0–1.2 ㎜이고, 좁은 피침형으로 정단부는 예두, 기부는 둔저, 엽연은 전연이고, 선모와 털이 배축면과 가장자리에 있으며, 전체적으로 녹색이나 정단부는 붉은색을 띠기도 하고, 가장자리는 백색의 막질로 이루어져 있다. 화판은 5개로 길이 2.6–3.1 ㎜, 너비 0.6–0.7 ㎜이고, 도피침형으로 정단부가 요두이며, 백색이다. 수술은 5–10개이나, 흔히 8개 정도이며, 암술은 5개이다. 열매 삭과는 원주형이며, 길이 6.2–6.8 ㎜이다. 종자 넓은 도란형으로 납작하며, 지름 0.3–0.4 ㎜이고, 갈색이며, 병층벽은 원뿔형이다.애기점나도나물은 같은 아속(Sub gen. Fugacia)에 속하는 유럽점나도나물(C. glomeratum Thuill.)과 매우 유사하지만, 수술은 주로 8개(5-10개)이고, 위쪽의 포엽은 가장자리가 막질이며, 악편은 소화경과 화판보다 짧은 특징이 있어 구별된다.
